日本水稻產業因時代變遷等因素，面臨稻米生產過剩、生產成本較高、農業人口高齡化及全球溫暖化等問題，水稻研究部門針對相關之問題，亦研究以開發水稻多用途品種，如青貯之飼料稻、低直鏈性澱粉、巨胚品種、有色米品種及酒米品種等，增加稻種之多樣性及利用性，以降低糧食生產面積與產量之壓力；開發直播農機具及種子調製技術，以節省育苗移植之人力及成本；選育耐熱之良質米品種，以因應全球溫暖化之趨勢，影響水稻生育及米質等問題。對於隨氣流遷入之長距離遷移性水稻害蟲種類及其媒介病毒病害，除長期進行偵（監）測外，並逐步發展出利用電腦之模擬系統，適時提供發生預測及模擬其遷出來源地區；對於遷入害蟲族群之特性，如生物小種及抗藥性等變化，進行長期監測及預警，作為日本蟲害管理政策擬訂之參考；另外對區域內主要作物害蟲發生及偵測基礎資訊，作定期且詳盡調查，確實掌控主要蟲害發生疫情及偵（監）測外來入侵種類；對於已入侵之有害生物，明令禁止人為攜帶，限制再擴散之情況發生；為保障消費者食用安心、安全，更逐步發展出對環境友善、經濟、安全等非農藥防治方法，此等水稻育種、栽培、有害生物等管理模式及制度之建立，有許多值得我方參考借鏡之處。