自2004年起，衛生福利部疾病管制署(以下簡稱本署)與日本國立感染症研究所(以下簡稱NIID)，每年輪流主辦雙邊研討會，就當前重要疾病防治及研究進行經驗交流與研究成果分享。臺日雙方自2011年起每年簽訂服務協議書，至2022年已簽署第12次，共11項合作研究計畫，雙方合作密切。 第19屆臺日雙邊研討會輪由我方主辦，因疫情影響改以視訊辦理，於2022年9月2日召開，由本署周署長及日本NIID所長Dr. Takaji Wakita代表雙方主持，雙方就「COVID-19防疫政策」、「對抗抗生素抗藥性(以下簡稱AMR)」及「5項雙邊合作研究計畫」等議題進行交流討論。 另臺日雙方對於第20屆研討會之議題亦已達成共識，2023年研討會於臺北舉辦實體與線上混合會議，將包括「新興傳染病之主動及被動監測策略」、「疫苗可預防疾病之防治策略」、「AMR」及「衛生調查訓練班：應用流行病學活動與田野調查(以下簡稱FETP)」等議題，由雙方傳染病專家學者介紹分享，並報告11項臺日合作研究計畫成果。