自民國93年起，衛生福利部疾病管制署(以下簡稱本署)與日本國立感染症研究所(以下簡稱NIID)，每年輪流主辦雙邊研討會，就當前重要疾病防治及研究進行經驗交流與研究成果分享。臺日雙方自100年起每年簽訂服務協議書，至今年已簽署第11次，共11項合作研究計畫，雙方合作密切。 第18屆臺日雙邊研討會輪由NIID主辦，因疫情影響改以視訊辦理，於10月29日召開，由本署周署長及日本NIID所長Dr. Takaji Wakita代表雙方主持，雙方就疫情期間奧運等賽事之整備及因應、COVID-19疫情監測、疫苗接種效益及副作用、接種疫苗後之不良事件及突破性感染、病毒變異株等議題進行交流討論，並由雙方FETP成員分享疫調經驗。 另臺日雙方對於第19屆研討會之議題亦已達成共識，明年研討會於臺北舉辦實體會議，將包括「肝炎防治」、「蟲媒傳染病之預防與控制」、「疫苗可預防疾病」、「衛生調查訓練班：應用流行病學活動與田野調查」等議題，由雙方傳染病專家學者介紹分享，並報告臺日合作研究計畫成果。