第五屆總統直選的結果對於東亞政治經濟發展有著決定性的影響力，因此備受各界高度關切。本單位與澳門大學及香港浸會大學，於選後二日旋即於澳門、香港兩地共同舉辦學術研討會議，內容聚焦台灣大選後兩岸關係總體形勢評估、兩岸關係發展及未來兩岸關係的影響等議題。來自兩岸四地的學者們觀察本次選舉過程後，一致同意台灣的兩黨政治局勢相較於2004年已十分鞏固，即使台灣的民主還十分年輕，但已展現了成熟、西方式的民主特色。而北京、華府也都逐漸避免干預台灣的選舉，或是公開支持特定候選人。