本署為瞭解環境水體水質變化情形、防治水污染並研訂相關施政措施，長期進行環境水體水質監測，自91年起由監資處統籌辦理全國91條主支流河川、60座水庫、431口區域性地下水監測井、19處海域及每年夏季至少10處海灘之水質監測，目前共計有1000個測點，皆定期以人工採樣、檢測方式出具監測數據。 為順應電子化潮流，本署發想以水質自動連續監測設備取代人工監測，期能擴充監測含量、減少人為誤差、提昇效率並瞭解環境水質連續變化情形，故派員赴日考察相關技術及做法，考察過程發現水質自動連續監測設備不但可以忠實呈現水質變化及趨勢，設置維護成本長期下來較人工監測方式為低，但由於台灣地質鬆軟多為沈積頁岩，河川豐水期水勢強勁、枯水期無水或水位低於20公分，造成抽水馬達、監測站體保全不易，加上台灣人口稠密，土地取得困難，是否大規模建置水質自動連續監測站網則須進一步詳細評估為佳。 另參考日本水質保護歷程，建議我國環境保護之方式應由管末處理改為污染源管理，立法要求工廠須於放流水放流前，加裝水質連續自動監測儀器進行連線，自主地處理放流水至管制標準濃度以下；並加強環境教育宣導，鼓勵居民使用無磷清潔劑、減少農藥及肥料使用，以降低水體污染負荷。除此之外，多多參考其他先進國家之腳印，取前車之鑑截長補短，俾利本署污染防治事半功倍，儘速提昇國人生活品質。