自1970年代發現病毒可能是引起腸胃炎的病因物質以來，越來越多研究顯示病毒是造成腸胃炎的重要病原之ㄧ。常見的食因性病毒有諾羅病毒、輪狀病毒、星狀病毒、札晃病毒、腺病毒、A型肝炎病毒及E型肝炎病毒等，造成病毒中毒的食品以可生食或輕度加工的食物為主，如貝類或生菜沙拉。由於病毒無法在食品上增殖，且少量的病毒即可能引起人類疾病，檢測上需克服採樣及待測病毒可能稀少的問題。儘管如此，食品中病毒的檢測技術日新月異，檢測方法不斷地改良創新。常見的病毒檢測法有直接觀察法(電子顯微鏡)、病毒蛋白檢測法(ELISA或Latex)及病毒基因檢測法(Probe或RT-PCR)等，其中病毒基因檢測法具有靈敏度高的特點，運用於食品中病毒的檢測為主要趨勢。檢測方法可分為兩部分，一為食品中病毒的分離萃取，另一為病毒核酸檢測。在日本，用於檢測食因性病毒的「病毒性下痢症檢查手冊」中病毒的分離萃取有直接法、化學法(PEG沉澱)及物理法(超離心和玻璃細珠)等方法。病毒核酸檢測可分為單一步驟逆轉錄聚合酶鏈反應法及雙步驟逆轉錄聚合酶鏈反應法，前者具有較快速的特點，後者配合巢式聚合酶鏈反應法具有較靈敏的特點，此外以多重聚合酶鏈反應法亦可同時檢測多種食因性病毒。了解各種病毒檢測技術的優劣有助於我國食因性病毒檢驗方法的開發及制定。