各類胸腔疾病，包括氣道阻塞疾病、間質性疾病，臨床上影像分析目前大多都是各科專家利用自己的經驗做比較和評估，但是如果要精確地量化各種結構性的改變，例如慢性肺阻塞疾病的氣道大小變化、間質性肺病的蜂窩狀病灶大小，並且盡量減少專家間的差異，就須要標準化、盡量去除雜訊，最好是可以自動化減少人力資源消耗。 面對慢性肺阻塞疾病，滋賀醫大使用美國VIDA系統，分析各層分支的氣道內徑大小、氣道壁厚度、氣道壁截面積等等，此方法學要量得精確且標準化，重點就是要定義氣道軸，以及定義氣道內腔的邊緣。另外，吸氣吐氣期的斷層掃描，可以量化並且區分氣體淤積和肺氣腫的差異，在各類肺體積縮減技術例如臺灣可以做的支氣管鏡蒸氣燒灼術等極具研究及臨床價值。 同時也學習間質性肺疾病如何使用ImageJ量化蜂巢性病灶，利用圓度、大小、亮度等等去過濾，盡量去除掉雜訊，是這個方法學遇到的挑戰。 支讀術是面對肺部周邊型病灶很重要的武器，除了術前計畫可以增進診斷率、也可以減少檢查時間。