全基因定序(Whole genome sequencing, WGS)包含次世代定序或是第三世代定序技術等高通量的DNA定序技術，可以快速、準確地測定生物或病原體之序列，包括所有的基因、非編碼區域，從而快速識別出特定基因的存在、分布以及可能的變異。目前各國抗藥性監測計畫主要應用WGS技術，以了解抗藥性菌株及抗藥性基因之來源。掌握抗藥性菌株的流行演化趨勢，有助於跨領域的資料整合以及與國際資料庫比對。本計畫針對動物臨床病例分離之大腸桿菌 (Escherichia coli, E.coli)，並研究其是否具有產廣效性乙內醯胺酶(Extended-spectrum β-lactarmases; ESBL)能力等備受重視的新興抗藥機制。本次研習請美國專家指導應用生物資訊軟體分析抗藥性微生物全基因體之技術，並分享其經驗，協助本所針對抗藥性菌株建立分析系統及資料庫，提升抗藥性菌株監控及研究能力。