隨著「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」的生效運作與口岸防疫的合作，以及中國大陸明文將「海峽西岸經濟區」納入「第十二個五年規劃」一節，金廈小三通在兩岸人員往來與防疫合作機制，勢必越形重要。面對上述小三通人員往來流量的不斷攀升，和中共近年來以「海峽西岸經濟區」的區位戰略，推動各面向對台政策「先行先試」的契機與挑戰，本研究案將針對金廈小三通CIQS及防疫檢疫措施，進行全面性的檢視，並配合「兩岸醫藥衛生合作協議」的執行，檢討策進相關政策，俾對政府提出相關政策建議。