黑潮為西太平洋穿越菲律賓、臺灣及日本間一股穩定且強大的洋流，其水溫及高流速特性，形成該海域特殊的海洋生態連結，顯示黑潮流經海域之保育工作，必須透過建立「跨域海洋保護區網絡才夠全面。有鑑於增加海洋受保護面積，甚至是建立跨域型的海洋保護區已是各國推動海洋保育主流工作，本署於112年8月27日至9月1日隨國立中山大學研究團隊前往菲律賓，以辦理工作坊之方式，就建立黑潮海洋保護區網絡議題交換意見並建立溝通管道，未來可朝學術合作或簽署備忘錄方式辦理；另海洋廢棄物的源頭分析與清除、飛魚、鮪魚的保育，以及Batanes、蘭嶼建立南島語系保護區/文化保留區等議題，亦具合作機會，菲方也期待未來有機會可來訪臺灣交流。