日本政府近10年陸續進行獨立行政法人及公益法人制度改革，並且以追求效率、效果等精神為改革方向。在獨立行政法人制度方面，除了建立一套完整的績效評估制度，日本甫於2014年6月通過「獨立行政法人通則法部分修正案」，預定於2015年4月開始施行，針對整體制度之適用性、主管機關之課責性、法人內部治理能力之強化，以及報酬、薪資管理之彈性化等多項措施進行改革。而在促進民間參與公共事務方面，2006年通過公益法人三法改革，自2008年開始施行公益法人新制，歷經5年過渡期，自2014年開始全面施行。公益法人新制給予租稅優惠等誘因鼓勵民間參與公共事務，並且制訂強化公益法人治理的相關措施。 經本次考察行程，並重新檢視我國目前相關作法，日本公益法人、獨立行政法人改革及監督管理體制在透明、賦能、彈性及財務自主等作為，對於我國政府捐助財團法人具有參考價值，並提供相關政策建議。