海上實習為本系學生求學過程中之重要課程，主要目的為讓學生除了在課堂中從課本學習到的知識，可以有運用在實務上，增加實作經驗。參與訓練的學生於海上實習期間，由漁訓二號船員幹部進行解說，並同時安排一系列相關課程，進行訓練。本次海上實習期間共停靠日本東京及那霸兩大港口，課程分為三個階段，第一階段於台灣出發至停靠日本東京港前進行，內容包括船令及操舵訓練、航海日誌填寫及航儀簡介、漁船及漁艙設施介紹、海洋學及氣象學、EPIRB、STAR以及船體保養等。並配合方探及GPS電浮標操作、避碰雷達操作、船令及操舵實際操作訓練、主副機及機艙參觀，以及訓練航海日誌填寫等操作課程。除了操演課程，另外也安排船長跟學員介紹國內漁業管理現況及國際漁業組織管理趨勢，及觀察員講解觀察員訓練手冊及其工作內容，以期學生對於漁業管理及觀察員扮演角色有不同面向的了解，對於他們未來的人生規劃有更多選擇。 第二階段由東京航行至那霸港間進行，課程內容包括訓練船安排教授船舶通信及GMDSS實務、GPS海圖儀操作、鮪延繩釣漁業之混獲生物物種辨識、MINOLOG水溫紀錄器實務、VMS漁獲回報系統、漁探機及潮流計、船體保養、六分儀操作等課程。 第三階段為那霸港返回台灣的航程期間，教授船舶通信及GMDSS實務、GPS海圖儀操作、鮪延繩釣漁業之混獲生物物種辨識、MINOLOG水溫紀錄器實務、VMS漁獲回報系統、漁探機及潮流計、船體保養、六分儀操作等課程。 訓練課程也包括延繩釣以及魷釣作業訓練，作業水域則在東部台灣附近的海域。白天時學生學習進行延繩釣收支繩及投繩、揚繩的訓練，晚間則進行魷釣作業。期許學員除了漁船操作外，也有機會親身體會不同漁具漁法進行，獲得更多實務經驗。